PCR是分子生物学的常规和常用手段，用途很多，但是都是通过扩增目的基因片段来实现的。

那么，首先需要搞明白的是，需要扩增的基因片段大小是多大，因为不同大小的基因片段其扩增的难度是有差异的，尤其过长的片段，需要使用不同的taq酶来进行扩增（比如LA taq）。几点容易发生问题的地方供参考：

1.引物，PCR是基于引物来实现的。引物是否是自己设计的？如果是，需要检查一下引物设计的是否合理。如果是从文献中选取的，一般出问题的可能性不大，不放心的可以在数据库比对一下，防止文献出错。

2.模板，一般来讲通过试剂盒提取的DNA质量都是可以保证的，也能在4℃冰箱放置较长的时间，仍能进行PCR扩增。要是通过煮沸法粗提的DNA就没办法放置太长时间了。一句话就是，模板DNA的浓度要合适。

3.反应条件，这一块就比较复杂了，特别是对自己设计的引物来说，选择合适的退火温度，是需要慢慢摸索的，一般根据计算的退火温度降低5~10℃来进行首chi扩增，如果出现了目的条带，且有杂带时，在逐步提高退火温度，以提高反应的特异性。

此外，还有反应体系，电泳条件等等因素。